프로그램 예산제도와 계획예산(PPBS)는 다릅니다. 물론 PPBS에서도 프로그램 예산을 활용하기는 했으나 둘이 동일 개념은 아닙니다.
프로그램 예산제도는 원래 성과주의와 계획예산에서 사용하였던 것으로 기존의 단년도 중심의 상향식 품목별(항목별 투입) 분류체계를 탈피하고 프로그램 중심으로 예산을 분류·운영하는 제도입니다. 프로그램 예산은 일반적으로 정부의 기능(function) - 정책(policy) - 프로그램(program) - 단위사업 (activity)의 하향식 계층구조를 가지며, 신성과주의 예산의 실효성을 확보하기 위한 제도적 기반을 제공했습니다.