제주특별자치도의 관할구역 안에 지방자치단체가 아닌 시(행정시)를 두고, 행정시에는 동과 읍·면을 둘 수 있도록 하며, 행정시의 폐치·분합, 명칭 및 구역은 조례로 정할 수 있도록 함으로써 자치조직의 자율성을 강화하였습니다. (「제주특별법」(2006) 제정 당시 제정 취지 본문)
종전의 제주도와 4개시/군을 폐지하고 단일 광역자치단체인 제주특별자치도와 2개의 행정시로 개편하면서 자치조직·인사권 및 자치재정권 등 자치권을 강화한 것이라고 이해하시면 됩니다.