국고보조금이 지역 간 재정 불균형을 초래하는 것과 지역 간 외부효과를 시정하는 것은 전혀 연관이 없는 별개의 효과입니다.
전자는 보조금은 지방정부가 일부 대응재원을 마련해야 하는 대응지원금이라서 생기는 폐단입니다. 사업에 드는 비용을 국가에서 100% 주는 것이 아니라 일부만 주고 나머지는 지자체의 비용으로 부담해야 하므로 자비부담능력이 있는 자치단체에 보조금이 편중되는 경향이 있어 보조금은 지역 간 재정력 격차 및 불균형이 심화된다는 단점이 있습니다.
후자는 외부효과가 큰 지역개발사업에 대한 재정을 지원하는 등 행정서비스의 구역외 확산(긍정적 외부효과)에의 대처(보상)를 통해 지역단위에서의 시장실패를 치유하고 자원배분의 효율화 도모한다는 장점이 있다는 것입니다.