합리적 선택의 신제도주의는 행위자들이 자신의 고정된(외생적) 선호를 지니고 있으며 개인은 이러한 선호를 극대화하기 위한 수단으로서 전략적이고 계산적(산술적)인 행동을 취한다고 가정하고 개인의 전략적 선택의 합이 제도라고 봅니다.
반면 사회학적신제도주의는 개인의 선호는 주어진 것이 아니라 사회적으로 형성된다는 내생적 선호를 가정하고, 제도의 변화를 개인간 상호작용에 의한 제도적 동형화(isomorphism)의 과정으로 파악합니다.
정리하면 사회학적신제도주의는 개인간 상호작용의 결과를 제도로 보고, 합리적 선택의 신제도주의는 개인들의 전략적 선택의 결과를 제도로 보는 것입니다.
