네, 둘은 서로 다른 제도입니다. 자율예산편성제도는 사전에 국가재원을 전략적으로 배분하고 이에 따라 각 부처가 예산을 자율적으로 편성하는 방식으로 정책과 우선순위에 입각한 전략적 재원배분을 중시하는 예산입니다. 반면 프로그램예산은 원래 성과주의와 계획예산에서 사용하였던 것으로 기존의 단년도 중심의 상향식 품목별(항목별 투입) 분류체계를 탈피하고 프로그램 중심으로 예산을 분류·운영하는 것입니다. 그리고 이러한 프로그램예산은 신성과주의예산의 실효성을 확보하기 위한 제도적 기반을 제공했습니다.